フィールドを削除する方法をなんとか見つけましたが、問題があります。実際には削除されず、NULLに設定されているだけです。
db.user.update({'username': 'mezo', 'person': {'$in' : ['masidnadi241479214']}}, {'$unset': {'person.$': 1}})
私の構造は次のようなものです:
{
"_id" : ObjectId("4ff14c7461d69af811000000"),
"confirmed" : true,
"person" : [
null,
null,
"194724198274192",
"3"
],
"username" : "mezo"
}