はい、AppDelegate で配列を作成し、その配列にインデックスを配置できます。ただし、その前に、次の方法で NSInteger(int) から NSNumber オブジェクトを作成する必要があります。
// This line should be in your delegate
NSMutableArray *indexesArray = [[NSMutableArray alloc] init];
// In your controller:
NSInteger index = 1; // Use your index instead
NSNumber *indexObject = [NSNumber numberWithInt:index];
AppDelegate *appDelegate = (AppDelegate *)[[UIApplication sharedApplication] delegate];
[appDelegate.indexesArray addObject:indexObject];
ビューについても同様です。UIView オブジェクトも NSMutableArray に格納できます。
UIView *view = [[UIView alloc] initWithFrame:CGRectMake(0, 0, 100, 100)];
[appDelegate.viewsArray addObject:view];