これは Acrobat X Pro で実行できますが、c# で JavaScript API を使用する必要があります。
AcroPDDoc pdfd = new AcroPDDoc();
pdfd.Open(sourceDoc.FileFullPath);
Object jsObj = pdfd.GetJSObject();
Type jsType = pdfd.GetType();
//have to use acrobat javascript api because, acrobat
object[] saveAsParam = { "newFile.doc", "com.adobe.acrobat.doc", "", false, false };
jsType.InvokeMember("saveAs",BindingFlags.InvokeMethod | BindingFlags.Public | BindingFlags.Instance,null, jsObj, saveAsParam, CultureInfo.InvariantCulture);
それが役立つことを願っています。