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外部プログラムによって生成された xml ファイルを解析しています。次に、独自の名前空間を使用して、このファイルにカスタム アノテーションを追加したいと思います。私の入力は次のようになります。

<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" level="2" version="4">
  <model metaid="untitled" id="untitled">
    <annotation>...</annotation>
    <listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
    <listOfCompartments>...</listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
          <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
      <species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
           <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfReactions>...</listOfReactions>
  </model>
</sbml>

問題は、lxml が使用時にのみ名前空間を宣言することです。これは、次のように (簡略化して) 宣言が何度も繰り返されることを意味します。

<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4">
  <listOfSpecies>
    <species>
      <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
      <celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
    </species>
    <species>
      <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
    </species>
    ....
  </listOfSpecies>
</sbml>

orなどの親要素で lxml にこの宣言を 1 回だけ書き込むように強制することはできますsbmlかlistOfSpecies? それともそうしない正当な理由がありますか？私が望む結果は次のようになります。

<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4"  xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace">
  <listOfSpecies>
    <species>
      <kjw:test/>
      <celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
    </species>
    <species>
      <kjw:test/>
    </species>
    ....
  </listOfSpecies>
</sbml>

重要な問題は、ファイルから読み込まれた既存のデータを保持する必要があるため、新しいルート要素を作成することはできません (だと思います)。

編集: 以下に添付されたコード。

def annotateSbml(sbml_input):
  from lxml import etree

  checkSbml(sbml_input) # Makes sure the input is valid sbml/xml.

  ns = "http://this.is.some/custom_namespace"
  etree.register_namespace('kjw', ns)

  sbml_doc = etree.ElementTree()
  root = sbml_doc.parse(sbml_input, etree.XMLParser(remove_blank_text=True))
  nsmap = root.nsmap
  nsmap['sbml'] = nsmap[None] # Makes code more readable, but seems ugly. Any alternatives to this?
  nsmap['kjw'] = ns
  ns = '{' + ns + '}'
  sbmlns = '{' + nsmap['sbml'] + '}'

  for species in root.findall('sbml:model/sbml:listOfSpecies/sbml:species', nsmap):
    species.append(etree.Element(ns + 'test'))

  sbml_doc.write("test.sbml.xml", pretty_print=True, xml_declaration=True)

  return
4

6 に答える 6

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lxml では、ノードのネームスペース マッピングを変更することはできません。この機能をウィッシュリスト アイテムとして持つこのオープン チケットを参照してください。

これは、lxml メーリング リストのこのスレッドに由来し、代替手段としてルート ノードを置き換える回避策が提供されています。ただし、ルート ノードの置き換えにはいくつかの問題があります。上記のチケットを参照してください。

完全を期すために、提案されたルート置換の回避策コードをここに記載します。

>>> DOC = """<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" level="2" version="4">
...   <model metaid="untitled" id="untitled">
...     <annotation>...</annotation>
...     <listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
...     <listOfCompartments>...</listOfCompartments>
...     <listOfSpecies>
...       <species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
...         <annotation>
...           <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
...         </annotation>
...       </species>
...       <species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
...         <annotation>
...            <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
...         </annotation>
...       </species>
...     </listOfSpecies>
...     <listOfReactions>...</listOfReactions>
...   </model>
... </sbml>"""
>>> 
>>> from lxml import etree
>>> from StringIO import StringIO
>>> NS = "http://this.is.some/custom_namespace"
>>> tree = etree.ElementTree(element=None, file=StringIO(DOC))
>>> root = tree.getroot()
>>> nsmap = root.nsmap
>>> nsmap['kjw'] = NS
>>> new_root = etree.Element(root.tag, nsmap=nsmap)
>>> new_root[:] = root[:]
>>> new_root.append(etree.Element('{%s}%s' % (NS, 'test')))
>>> new_root.append(etree.Element('{%s}%s' % (NS, 'test')))

>>> print etree.tostring(new_root, pretty_print=True)
<sbml xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace" xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4"><model metaid="untitled" id="untitled">
    <annotation>...</annotation>
    <listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
    <listOfCompartments>...</listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
          <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
      <species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
           <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfReactions>...</listOfReactions>
  </model>
<kjw:test/><kjw:test/></sbml>
于 2012-07-05T18:08:32.257 に答える
3

生の XML を直接扱うのではなく、Python などの言語バインディングを使用して SBML ドキュメントを操作するためのライブラリであるLibSBMLを検討することもできます。そこでは、次のように使用します。

>>> libsbml インポートから *
>>> doc = readSBML('Dropbox/SBML モデル/BorisEJB.xml')
>>> 種 = doc.getModel().getSpecies('MAPK')
>>> 種.appendAnnotation('<kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>')
0
>>> 種.toSBML()
'<species id="MAPK" コンパートメント="コンパートメント" initialConcentration="280" boundaryCondition="false">\n <注釈>\n
 <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>\n </annotation>\n</species>'
>>>
于 2012-07-06T07:02:45.953 に答える
0

ルート要素を置き換えて、そのnsmapに「kjw」を追加できます。その場合、xmlns宣言はルート要素にのみ存在します。

于 2012-07-05T17:36:28.927 に答える