私はサーバーを完全に制御できるので、プラグインなどをインストールできますが、そのソフトウェアは商用利用のためにライセンスを取得できる必要があります。
人々がアップロードする曲の「鈍い」バージョン（つまり、より低い周波数とビットレート）を作成したいのですが、これは自動的に削除される前に短時間（おそらく数日）使用されます。
これは、ダウンロード中またはアップロード時にリアルタイムで実行できます。サーバーに元のコピーが保持されていてもかまいません。アイテムのtodoのデータベースに追加するだけでもかまいません。次に、cronジョブを作成してtodoアイテムをクロールし、そこから実行します。
PHPで実行中のプログラムをサーバーに保存する方法についてはあまり理解していません。現時点で最も行っているのは、PHPからMySQLバックアップスクリプトを実行することです。