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Rで次のコードを実行しています：

library(GEOquery)
mypath <- "C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC"
GDS1 <- getGEO('GDS1',destdir=mypath)

しかし、次のエラーが発生します。

Using locally cached version of GDS1 found here:
C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC/GDS1.soft.gz 
Error in read.table(con, sep = "\t", header = FALSE, nrows = nseries) : 
  invalid 'nlines' argument

このエラーを取り除く方法を教えてください。

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クエリしたGDSファイルに関係なく、Rとubuntu（12.04）のBioconductorでGEOquery（バージョン2.23.5）を使用しても同じエラーが発生しました。GEOqueryパッケージに障害がある可能性がありますか？

于 2012-07-11T16:14:59.687 に答える
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私の経験では、getGEO は非常に扱いにくいものです。GEO サーバーへの接続でよく問題が発生します。ダウンロード中にこれが発生すると、getGEO は部分的なファイルを残します。しかし、部分的なファイルがそこにあるため、再ダウンロードしようとすると、このキャッシュされた部分的にダウンロードされたファイルが使用され、表示されるエラーが発生します (完全なファイルではないため、必要です)。

これを解決するには、キャッシュされた SOFT ファイルを削除して、ダウンロードを再試行します。

于 2017-05-02T14:57:27.043 に答える