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この問題の解決策を探しています。次の引用に示すような (タブ区切りの) ファイルがあります。ご覧のとおり、最初の部分 (太字のフィールド) に一致する行があります。

chr4 164440449 165354407 G1 P8002-51-75
chr1 220871675 220962596 G2 P2368-132-84
chr1 220871675 220962596 G2 P2369-152-116
chr1 220871675 220962596 G2 P2371-180-82
chr1 220871675 220962596 G2 P2372-223-129
chr1 220871675 220962596 G2 P2373 -153-96
chr1 220871675 220962596 G2 P2370-104-78
chr5 126198405 126416440 G3 P9333-135-146
chr5 126198405 126416440 G3 P9334-151-116

AWK または PERL を使用して、タブ区切り形式を維持しながら次の出力を取得するにはどうすればよいでしょうか? 一般的な概念は、最初の部分に従って行を統一し、最後のフィールドを追加しようとすることです

chr4 164440449 165354407 G1 P8002-51-75
chr1 220871675 220962596 G2 P2368-132-84 P2369-152-116 P2371-180-82 P2372-223-129 P2373-153-96 P2370-104-78
chr5 126198405 126416440 G3 P9333-135 -146 P9334-151-116

一般的な概念は、最初の部分に従って行を統一し、最後のフィールドを追加しようとすることです

4

2 に答える 2

2 
while (<DATA>) {
    ($x, $y) = /^(.*)\s([-\w]+)$/;
    push @{$hash{$x}}, $y;
}
while (($k, $v) = each %hash) {
    print $k, join("\t", @{$v}), "\n";
}
__DATA__
chr4 164440449 165354407 G1 P8002-51-75
chr1 220871675 220962596 G2 P2368-132-84
chr1 220871675 220962596 G2 P2369-152-116
chr1 220871675 220962596 G2 P2371-180-82
chr1 220871675 220962596 G2 P2372-223-129
chr1 220871675 220962596 G2 P2373-153-96
chr1 220871675 220962596 G2 P2370-104-78
chr5 126198405 126416440 G3 P9333-135-146
chr5 126198405 126416440 G3 P9334-151-116
于 2012-07-09T09:19:51.327 に答える
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使用する1つの方法perl：

perl -ane '
    ## Save all fields but the last one as the key to compare between rows.
    $key = join qq|\t|, @F[ 0 .. $#F - 1 ];

    ## In first line or when current key is equal to previous key, save last
    ## field in an array and stop processing current row.
    if ( $. == 1 || $key eq $pkey ) {
        $pkey = $key;
        push @value, $F[ $#F ];
        next unless eof;
    }

    ## At this point, keys between rows are different, so print previous
    ## key with its values and begin to save the new one.
    printf qq|%s\n|, join qq|\t|, $pkey, @value;
    @value = ();
    push @value, $F[ $#F ];

    ## Exception: Last line with a new key, print it.
    if ( eof && $pkey ne $key ) {
    printf qq|%s\n|, join qq|\t|, $key, @value;
    }

    ## Save previous key.
    $pkey = $key;

' infile

infile質問のデータを想定すると、出力は次のようになります。

chr4    164440449       165354407       G1      P8002-51-75
chr1    220871675       220962596       G2      P2368-132-84    P2369-152-116   P2371-180-82    P2372-223-129   P2373-153-96    P2370-104-78
chr5    126198405       126416440       G3      P9333-135-146   P9334-151-116
于 2012-07-09T09:14:18.020 に答える