この問題の原因はわかりませんが、ボックスの幅が25％で、1行に4つのボックスがある流動的なレイアウトになっています。サイズ変更時に、4列が壊れた2列に変わる断続的なエラーが発生することに気づきました。ここで私のビデオを参照してください：http：//cl.ly/0s172D303X1M3H1v161z（ブラウザリンクで表示をクリックしてください）。
問題はブラウザ間で一貫していないことがわかりました。一部のブラウザでは機能しますが、他のブラウザでは機能しません。誰かが修正する方法を知っていますか？
jsFiddleはここにあります：http：//jsfiddle.net/TVXve/
これらのプラグインは両方とも、絶対ピクセル値を使用すると最適に機能することがわかりました。columnWidthをパーセンテージ値に設定してみましたか？
isotopeのgithubページであなたの問題に注意を向けたいと思いました。これは、同じ問題に遭遇したときに非常に役立つことがわかったためです。
https://github.com/desandro/isotope/issues/222
これはバグのようです。アイテムの幅を24.5％に設定する必要があります。これにより、ギャップの問題が発生します（シームレスなグリッドを使用する場合）が、少なくとも人々が正しい方向に進むのに役立つはずです。