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affymetrix hgu133a プローブ セット ID の entrez ID を検索していたときに、biomaRt パッケージに問題が発生しました。たとえば、biomaRt は「206323_x_at」を見つけることができませんでした。
affy_hg_u133a リストにすべてのプローブ ID をリストすると、プローブ ID は 19872 個しかありませんでしたが、HGU133a には 22245 個のプローブ (またはコントロール プローブでは 22313 個) があります。スクリプトに何か問題がありますか、それともこのデータベースは不完全ですか?

ありがとう！

library(biomaRt)  
mart<-useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")  
affyids="206323_x_at"  
getBM(attributes=c('affy_hg_u133a', 'entrezgene'), filters = 'affy_hg_u133a', values = affyids, mart = mart)  
[1] affy_hg_u133a entrezgene   
<0 rows> (or 0-length row.names)

hgu133a<-getBM(attributes='affy_hg_u133a', mart = mart)
dim(hgu133a)
[1] 19872     1
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このプローブセットでは機能しないようです。で答えを得ることができます

library(hgu133a.db)
myprobeset  = "206323_x_at"
genes <- mget(myprobeset,hgu133aENTREZID)

別のプローブセットをテストできます

affyids = c("218471_s_at")
getBM(attributes = c("affy_hg_u133a", "entrezgene"), filters =  "affy_hg_u133a",values = affyids, mart = ensembl)

myprobeset  = "218471_s_at"
genes <- mget(myprobeset,hgu133aENTREZID)

したがって、これは2つの異なるデータソースが異なる答えを与える場合のようです。これは時々起こります。

于 2012-07-12T14:56:42.493 に答える
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パッケージは、このprobemapper特定のニーズにも役立つ場合があります。R で利用でき、オンライン インターフェイスも備えています。

特定の遺伝子の結果は次のとおりです: qbrc.swmed.edu/probealignment/#probe=1005849

解釈: ベンダーとバイオコンダクタは、プローブが Entrez ID 4983 に一致することに同意しますが、BLAST は他の潜在的なアラインメントを示します (ベンダーの注釈だけを気にする場合は、おそらく無視できます)。

于 2012-07-12T16:55:51.200 に答える