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ggplot2 を使用して 6 つのデータ変数のペア プロットを作成し、それらが属する k-means クラスターに従ってポイントに色を付けようとしています。非常に印象的な「GGally」パッケージのドキュメントと、Adam Laiacano による非公式の修正 [http://adamliaacano.tumblr.com/post/13501402316/colored-plotmatrix-in-ggplot2] を読みました。残念ながら、どちらでも目的の出力を得る方法が見つかりませんでした。

サンプルコードは次のとおりです。

#The Swiss fertility dataset has been used here

data_ <- read.csv("/home/tejaskale/Ubuntu\ One/IUCAA/Datasets/swiss.csv", header=TRUE)
data_ <- na.omit(data_)

u <- c(2, 3, 4, 5, 6, 7)
x <- data_[,u]
k <- 3
maxIterations <- 100
noOfStarts <- 100
filename <- 'swiss.csv'

library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(GGally)

kmeansOutput <- kmeans(x, k, maxIterations, noOfStarts)

xNew <- cbind(x[,1:6], as.factor(kmeansOutput$cluster))
names(xNew)[7] <- 'cluster'
kmeansPlot <- ggpairs(xNew[,1:6], color=xNew$cluster)

OR

kmeansPlot <- plotmatrix(xNew[,1:6], mapping=aes(colour=xNew$cluster))

両方のプロットが作成されますが、クラスターに従って色付けされていません。

フォーラムでこの質問への回答を見逃していないことを願っています。そうである場合はお詫び申し上げます。どんな助けでも大歓迎です。

ありがとう！

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次のわずかな変更はplotmatrix2私にとってはうまくいきます：

plotmatrix2 <- function (data, mapping = aes())
{
    grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data))
    grid <- subset(grid, x != y)
    all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) {
        xcol <- grid[i, "x"]
        ycol <- grid[i, "y"]
        data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol], 
            x = data[, xcol], y = data[, ycol], data)
    }))
    all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data))
    all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data))
    densities <- do.call("rbind", lapply(1:ncol(data), function(i) {
        data.frame(xvar = names(data)[i], yvar = names(data)[i], 
            x = data[, i])
    }))
    densities$xvar <- factor(densities$xvar, levels = names(data))
    densities$yvar <- factor(densities$yvar, levels = names(data))
    mapping <- defaults(mapping, aes_string(x = "x", y = "y"))
    class(mapping) <- "uneval"
    ggplot(all) + facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free") + 
        geom_point(mapping, na.rm = TRUE) + stat_density(aes(x = x, 
        y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)), data = densities, 
        position = "identity", colour = "grey20", geom = "line")
}


plotmatrix2(mtcars[,1:3],aes(colour = factor(cyl)))

ここに画像の説明を入力

これはggplot2のバージョンの問題かもしれませんが、densitiesデータフレームのファセット変数を強制的に要素にする必要がありました( GGallyバージョンでも壊れているようです)。また、通常はベクトルを に渡さずaes()、単に列名を渡します。

于 2012-07-16T16:01:43.517 に答える