JSON から生成されたコンテンツのブロック内にクラスを追加する必要があります。HTMLは実際にはまだ生成されていないため、toggleClassで吠えていると思います。おそらく何らかの方法で .on() または .live() を使用する必要があると思います。
エラーは表示されません。クラスが追加されていないだけです。繰り返しますが、テーブルのコンテンツが動的に構築されているためだと思います。
関連するコードは次のとおりです。
// The data variable is a block of JSON
for(i=1; i < data.length; i++){
foo += '<tr id="'+data[i][2]+'">test</tr>';
// Here's where I am trying to add the class, but it is not working. We check to see if a value in our JSON is true, if so - we change the class.
if(data[i][1]){
$("#"+data[i][2]).toggleClass("newClass"); // finds the ID by unique name
}
}