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次のタイプのデータがあります。

Person <- c("A", "B", "C", "AB", "BC", "AC",  "D", "E")
Father <- c(NA,  NA,  NA,   "A", "B", "C",    NA, "D")
Mother <- c(NA,  NA,  NA, "B",   "C", "A", "C",    NA)
var1 <- c(  1,   2,   3,     4,   2,   1,     6, 9)
var2 <- c(1.4, 2.3, 4.3,  3.4, 4.2, 6.1,   2.6, 8.2)
myd <- data.frame (Person, Father, Mother, var1, var2)

 Person Father Mother var1 var2
1      A   <NA>   <NA>    1  1.4
2      B   <NA>   <NA>    2  2.3
3      C   <NA>   <NA>    3  4.3
4     AB      A      B    4  3.4
5     BC      B      C    2  4.2
6     AC      C      A    1  6.1
7      D   <NA>      C    6  2.6
8      E      D   <NA>    9  8.2

行方不明（不明）はこちら。データをトリオ（個人とその父と母）に再編成したい。たとえば、AB 個人のトリオには、父親 A と母親 B からのデータが含まれます。

 Person Father Mother var1 var2
1      A   <NA>   <NA>    1  1.4
2      B   <NA>   <NA>    2  2.3
4     AB      A      B    4  3.4

Aさん、Bさん、Cさんは親がいないのでトリオは作れません。場合によっては、E には D という親が 1 人しかいないことがわかっています。この場合、トリオには 2 人のメンバーしかいません。

  7      D   <NA>      C    6  2.6
  3      C   <NA>   <NA>    3  4.3

母と父が 2 つのトリオで繰り返される場合、同じ値がリサイクルされます。

したがって、予想される完全な出力は次のようになります。

    Person Father Mother var1 var2  Trio 
1      A   <NA>   <NA>    1  1.4     1
2      B   <NA>   <NA>    2  2.3     1
4     AB      A      B    4  3.4     1

2      B   <NA>   <NA>    2  2.3     2
3      C   <NA>   <NA>    3  4.3     2
5     BC      B      C    2  4.2     2

1      A   <NA>   <NA>    1  1.4     3
3      C   <NA>   <NA>    3  4.3     3
6     AC      C      A    1  6.1     3

NA       <NA> <NA>    <NA>  NA  NA     4
3      C   <NA>   <NA>    3  4.3      4
7      D   <NA>      C    6  2.6      4

NA       <NA> <NA>    <NA>  NA  NA     5
7      D   <NA>      C      6  2.6     5
8      E      D   <NA>      9  8.2     5
4

2 に答える 2

2

これはおそらくあなたが望むものです

Person <- c("A", "B", "C", "AB", "BC", "AC",  "D", "E")
Father <- c(NA,  NA,  NA,   "A", "B", "C",    NA, "D")
Mother <- c(NA,  NA,  NA, "B",   "C", "A", "C",    NA)
var1 <- c(  1,   2,   3,     4,   2,   1,     6, 9)
var2 <- c(1.4, 2.3, 4.3,  3.4, 4.2, 6.1,   2.6, 8.2)
myd <- data.frame (Person, Father, Mother, var1, var2,stringsAsFactors=F)

を使用して myd の定義がわずかに変更されていることに注意してくださいstringsAsFactors=F

parentage<-function(x,myd){
    y<-myd[x,]
    p1<-as.character(y['Father'])
    p2<-as.character(y['Mother'])
    out<-y
    if(!is.na(p1)){
        out<-rbind(out,myd[myd$Person==p1,])
    }
    if(!is.na(p2)){
        out<-rbind(out,myd[myd$Person==p2,])
    }
    out$Trio=x
    out
}

ans<-lapply(seq_along(myd$Person),parentage,myd)

 > ans
[[1]]
  Person Father Mother var1 var2 Trio
1      A   <NA>   <NA>    1  1.4    1

[[2]]
  Person Father Mother var1 var2 Trio
2      B   <NA>   <NA>    2  2.3    2

[[3]]
  Person Father Mother var1 var2 Trio
3      C   <NA>   <NA>    3  4.3    3

[[4]]
   Person Father Mother var1 var2 Trio
4      AB      A      B    4  3.4    4
2       A   <NA>   <NA>    1  1.4    4
21      B   <NA>   <NA>    2  2.3    4

[[5]]
  Person Father Mother var1 var2 Trio
5     BC      B      C    2  4.2    5
2      B   <NA>   <NA>    2  2.3    5
3      C   <NA>   <NA>    3  4.3    5

[[6]]
   Person Father Mother var1 var2 Trio
6      AC      C      A    1  6.1    6
3       C   <NA>   <NA>    3  4.3    6
31      A   <NA>   <NA>    1  1.4    6

[[7]]
  Person Father Mother var1 var2 Trio
7      D   <NA>      C    6  2.6    7
3      C   <NA>   <NA>    3  4.3    7

[[8]]
  Person Father Mother var1 var2 Trio
8      E      D   <NA>    9  8.2    8
7      D   <NA>      C    6  2.6    8

plyrデータフレームが必要な場合は、パッケージを使用できます

library(plyr)
ans<-adply(seq_along(myd$Person),1,parentage,myd)
于 2012-07-16T23:42:36.760 に答える
1

あなたの問題をグラフとして表現し、グラフ走査アルゴリズムを設計して、探しているすべてのトリオを収集します。

たとえば、ここに問題のトリオのサブセットがあります。

A    B    C
 \  / \  /
  vv   vv
  AB   BC

エッジを出さずに頂点 (AB と BC) から始めて、それらの親とトリオを作成することができます。次に、両親に移動し、プロセスを繰り返します。同じ頂点を複数回探索することを避けるために、既に訪れた頂点 (人) を追跡する方法が必要になります。

R には、グラフを使用するためのパッケージがいくつかあります。たとえば、igraphを見ているかもしれません。

于 2012-07-16T23:42:00.683 に答える