ナビゲーションコントローラーをストーリーボードにドラッグすると、ナビゲーションコントローラーとテーブルビューコントローラーが表示されます。テーブルビューが必要ないので、テーブルビューを削除し、通常のビューコントローラを挿入し、そのクラスをたとえばLoginViewに変更し、右クリックして[Relationship RootViewController]をNavigationControllerからViewControllerにドラッグします。
これで、アプリケーションを実行すると、次のようになります。
Application windows are expected to have a root view controller at the end of application launch
これをプログラムで修正したくありません。前回これを行ったときは、箱から出してすぐに機能しました(xcode 4.2、現在は4.3にアップグレードしました)。また、4.2でNavigation Controllerを追加すると、TableViewControllerではなくViewControllerが付属していました。
ナビゲーションコントローラーには、「初期ビューコントローラー」が設定されています。