2

私はNCBIデータベースに対して8mer（長さ8の文字列）を爆破しようとしています。ただし、qblastを使用すると、一致に関しては空になります。これは私のコードです：

from Bio.Blast.NCBIWWW import qblast  
import Bio.Blast.NCBIXML as parser

a = qblast('blastp','nr','GGMPSGCS')  
b = parser.read(a)  
print b.alignments`

これを行うと、空のリスト[]が出力されます。なぜこうなった？誰かがそれに光を当てることができますか？

NCBIオンラインBLASTツールを使用して一致を取得できます。「SSRVQDGMGLYTARRVR」のような長いkmerを使用すると、一致を取得することもできます。たまたま、検索した8マーがすべて空になっています。

4

2 に答える 2

1

この回答のように、qblast を微調整してデフォルトをオーバーライドする必要があります。NCBI-BLAST の WWW フロントエンドは短い (8 bp) 配列に一致するようにパラメーターを自動的に調整しますが、Biopython API を介して行う場合は手動で行う必要があります。

于 2014-08-04T20:00:03.987 に答える
1

http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.htmlの FAQ から

Bio.Blast.NCBIWWW.qblast() で NCBI BLAST Web サイトと同じ結果が得られないのはなぜですか? 同じオプションを指定する必要があります。NCBI は Web サイトのデフォルト設定を調整することが多く、QBLAST のデフォルト設定とは一致しなくなります。ギャップ > ペナルティや期待値のしきい値などを確認します。

qblast が同じデフォルトを使用していることを確認してください。不明な場合は明示的に設定してください。なんらかの「読み取りから短縮」フィルタリング ステップを実行していても、私は驚かないでしょう。

于 2013-03-27T02:49:12.040 に答える