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NTFS から FAT にコピーすると、タイム スタンプが変更されます。
FAT ドライブのファイル タイム スタンプは、ファイルがドライブに書き込まれるときに最も近い 2 秒 (偶数) に丸められます。NTFS ドライブのファイル タイム スタンプは、ファイルがドライブに書き込まれるときに最も近い 100 ナノ秒に丸められます。したがって、FAT ドライブのファイル タイム スタンプは常に偶数秒で終了しますが、NTFS ドライブのファイル タイム スタンプは偶数秒または奇数秒で終了する可能性があります。
ファイルが NTFS ドライブから FAT ドライブにコピーされる場合、ファイルのタイム スタンプの丸めが発生する必要があります。ファイルのタイム スタンプは次の偶数秒に切り上げられます。
これが USB に関係している可能性は低いですが、FAT ファイルシステムに関係している可能性が非常に高いです (最終変更タイムスタンプの粒度が 2 秒です)。
このタイムスタンプが実際に 2 秒ずつ増加していることを確認しましたか、それともファイル作成後に非常に高速に外部ドライブにコピーしていますか?
これが一般的な解決策かどうかはわかりませんが、次のように問題を解決しました。
最初に、最終変更時刻を取得して保存し、それが奇数で終わっているかどうかを確認します。そうであれば、偶数に変更します。つまり、NTFS ディスクで 1 増やします。
それを USB ドライブにコピーし、最終更新時刻を上記で取得した日時 (偶数) に設定します。