素敵な pcolor プロットが得られないので、深さ (等高線) と時間を x 軸として速度の大きさの等高線図を作成する必要があります。他のオプションがあることは知っていますが、私は等高線図を好みます。
figure;
timeC = x(in); % 811 X 1 matrix
depC = [1.20,2.20,3.20];
depC = depC'; % 3 X 1 matrix
ur = dat3(in,1:3); % 811 X 3 matrix
vr = dat4(in,1:3); % 811 X 3 matrix
[THETAc,Rc] = cart2pol(vr,ur);
vMag = Rc'; % 3 X 811 matrix
hpc = pcolor(timeC,depC,vMag);
set(gca,'YDir','reverse');
set(hpc,'EdgeColor','none');
caxis([0,0.2]);
t = colorbar('peer',gca);
set(gca, 'xlim', [min(timeC) max(timeC)]);
datetick(handles.axes4,'x', 15, 'keeplimits'); % does not work with pcolor