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たとえば、Djangoでidフィールドを更新する方法は次のとおりです。

mysql> SELECT * FROM school_subjects;
+----+--------+---------+-------------+
| id | name   | user_id | delete_flag |
+----+--------+---------+-------------+
|  1 | Canada |       2 |           0 |
|  2 | USA    |       2 |           0 |
+----+--------+---------+-------------+

それらを削除してから再度更新すると、ID が増加し続けます。

mysql> SELECT * FROM school_subjects;
+----+--------+---------+-------------+
| id | name   | user_id | delete_flag |
+----+--------+---------+-------------+
|  3 | Canada |       2 |           0 |
|  4 | USA    |       2 |           0 |
+----+--------+---------+-------------

+ では、id フィールドが最も低いものをチェックし、そこからインクリメントする方法は?

#models.py
class Subjects(models.Model):
    """ Subject Database """
    name = models.CharField(max_length=64, unique=False) #Subject Names on left-menu 
    user = models.ForeignKey(User, unique=False)
    delete_flag = models.BooleanField(default=False)

    def __unicode__(self):
        return '%s %s' %(self.name, self.user.username)
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