カスタムプレフィックスにインストールされたzip形式のeggにdistutilsによってパッケージ化されたPythonモジュールがあります。そのプレフィックスのsite-packagesディレクトリを含むようにPYTHONPATHを設定すると、eggがsys.pathに追加され、モジュールをインポートできます。ただし、スクリプト内からプレフィックスのsite-packagesディレクトリを指定してsite.addsitedirを実行すると、eggがsys.pathに追加されず、モジュールのインポートが失敗します。どちらの場合も、モジュールのsite-packagesディレクトリはsys.pathになります。
これは予想される動作ですか？もしそうなら、env変数を設定せずに特定のディレクトリ内の.pthファイルを処理するようにPythonに指示する方法はありますか？
そのプレフィックスのsite-packagesディレクトリを含むようにPYTHONPATHを設定すると、eggがsys.pathに追加され、モジュールをインポートできます。
にディレクトリを追加しても、その中のファイルPYTHONPATHの処理はトリガーされません.pth。したがって、圧縮された卵はに含まれませんsys.path。卵自体が入っている場合にのみ、卵からモジュールをインポートできますsys.path（親ディレクトリでは不十分です）。
ただし、スクリプト内からプレフィックスのsite-packagesディレクトリを指定してsite.addsitedirを実行すると、eggがsys.pathに追加されず、モジュールのインポートが失敗します。
site.addsitedir().pthディレクトリがまだ表示されていない場合は、ファイルの処理をトリガーするため、機能するはずです。
あなたが説明した振る舞いは、起こるべきことの反対です。
sys.path回避策として、卵を手動で追加できます。sys.path.insert(0, '/path/to/the.egg')