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環境 (hgu133plus2cdf) を変更する Bioconductor パッケージ (truncateCDF) を実行して、affymetrix チップから不要なプローブセットを削除しようとしました。次のメッセージ (フランス語からの翻訳) が表示されるまで、すべてがうまくいきました。

>   assign(cdfname, cdf.env, env=CDF.env)
Error in assign(cdfname, cdf.env, env = CDF.env) : 
  impossible to change the value of a locked link for 'hgu133plus2cdf'

割り当て関数はコードの最終的な関数であり、環境データセット CDF.env に加えられた変更を元の環境 (hgu133plus2cdf) に保存してから、affymetrix チップの結果の分析に使用します。だから、それは不可欠です。

私の質問: hgu133plus2cdf 環境へのこのロックされたリンクは何ですか?どうすればそれを回避できますか?

このパッケージの作成者は、2005 年頃にそのパッケージを正常に実行しました。それ以来、Rで導入された機能だと思います（割り当ては基本的なR関数であるため、おそらくBioconductorとは関係ありません。Biostarではなくこのフォーラムでこの質問をする理由です）。

ドキュメントを読もうとしましたが、環境に関しては圧倒されます。

助けてくれてありがとう。

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truncateCDF は Bioconductor パッケージのものではないと思います。それは少なくとも最新ではありません。これは、Bioconductor メーリング リストの同じスレッドのこの投稿と次の 2 つの投稿のように聞こえます。これは、R の変更の結果です。パッケージには、簡単に変更できない名前空間が含まれるようになりました。これらは、名前空間シンボルが定義されている環境をロックすることによって実装されます。プローブの取り外しは、典型的なマイクロ アレイ ワークフローの重要な部分ではありません。さらにヘルプが必要な場合は、 Bioconductor メーリング リスト(サブスクリプションは必要ありません)で質問してください。

于 2012-07-20T11:58:40.797 に答える