ソースコードを見てみましょう。関連する 2 つの部分は次のとおりです。
var row = svg.selectAll(".row")
.data(matrix)
.enter().append("g")
.attr("class", "row")
.attr("transform", function(d, i) { return "translate(0," + x(i) + ")"; })
.each(row);
と
var cell = d3.select(this).selectAll(".cell")
.data(row.filter(function(d) { return d.z; }))
.enter().append("rect")
.attr("class", "cell")
.attr("x", function(d) { return x(d.x); })
.attr("width", x.rangeBand())
.attr("height", x.rangeBand())
.style("fill-opacity", function(d) { return z(d.z); })
.style("fill", function(d) { return nodes[d.x].group == nodes[d.y].group ? c(nodes[d.x].group) : null; })
.on("mouseover", mouseover)
.on("mouseout", mouseout);
座標は、データのセル インデックス / x 属性をスケールに渡すことによって計算されます。つまり、
var x = d3.scale.ordinal().rangeBands([0, width]);