私は簡単な答えを見つけることができないようです。「ヘッダーに近い」または「フッターに近い」何らかの説明が必要です。
メインファイルがheader/content/footer.phpであるPHP駆動のWebサイトを持っているとしましょう
「ブランド化された」「アプリのような」Webサイトを作成している場合（安いイラストはこちら）
外部の「UI」要素はどこにコーディングする必要がありますか? ヘッダーの近く (最初にレンダリング) またはフッターの近く (最後にレンダリング) に含めるベスト プラクティスはありますか?
http://i47.tinypic.com/29vhzx5.png - 灰色が UI 要素で、青色が個別のコンテンツ/サイドバー領域であると仮定しましょう。
それが重要な場合は、ベストプラクティスとしてコーディングする必要がある場所についての支援が必要です!