ネイティブAPIを使用してneo4jインスタンスにポンプされたデータがいくつかあります。同じインスタンスが、Springデータグラフに裏打ちされたアプリによって使用されます。リポジトリはデータを見つけることができません。これは、インデックスやプロパティの欠落が原因の問題だと思います。
データがポンプされると、次のプロパティが設定されます。
node.setProperty("__type__", "com.x.x.Class");
インデックスは次のように設定されます。
Index<Node> typeIndex = indexManager.forNodes("__types__");
typeIndex.add(node, "className", "com.x.x.Class");
手がかり/助けをいただければ幸いです。