追加可能です
<!--[if IE 6]> .... <![endif]-->
動的に生成されたcssまたはjsファイル参照。
例えば
HtmlGenericControl ie6css = new HtmlGenericControl("link");
ie6css.Attributes.Add("rel", "stylesheet");
ie6css.Attributes.Add("src", Config.GetUrl("ie6/ie6-min.css"));
Page.Header.Controls.Add(ie6css);
生成されます
<link href="ie6/ie6-min.css" rel="stylesheet">
生成されたcss参照をいくつかの条件文で囲む必要があります。