何らかの理由で、再エンコードした mp4 の音量が非常に小さくなっています。
ffmpeg -i "\"$FILENAME\"" -sameq -vf "\""movie=/files/logo.png [watermark]; \
[in][watermark] overlay=main_w-overlay_w-10:main_h-overlay_h-10[out]\""" -ac 2 \
-vcodec libx264 -threads 0 -acodec libfaac -async 2 \
"\""$OUTPUT_DIRECTORY/abc$OUTPUTFILENAME"\
オーディオの同期などを維持するためにいくつかのフラグを追加しました。