コンテンツ ビューは LinearLayout です。これを llOne と呼び、llOne.xml ファイルにあるとします。
追加しようとしているビューも LinearLayout ですが、それらは別のファイルにあります。これを llTwo と呼び、llTwo.xml ファイルにあるとします。
setContentView(R.layout.llOne);
LinearLayout llOne = (LinearLayout) findViewById(R.id.llOne);
LinearLayout llTwo = (LinearLayout) findViewById(R.id.llTwo);
llOne.addView(llTwo); //NullPointerException