グループポリシーの目的は、クライアントコンピューターの設定を一元管理できるようにすることです。GPOがクライアントコンピューターにいくつかのレジストリ設定を設定している場合、設定がローカルで変更されると、それらは再適用されます。デフォルトでは、GPOは90分(またはドメインコントローラーでは5分)ごとに更新されると思います。
GPOを使用してレジストリ内の特定の設定を管理する場合は、アプリケーション設定を1つの場所に保存し、GPOの設定を別の場所に保存する必要があります。多くの場合、設定とポリシーに「並列」レジストリ構造があります。アプリケーションが設定を照会するときは、最初に設定がポリシーによって制御されているかどうかを判断してから、ポリシー値を使用する必要があります。それ以外の場合は、ローカル値を使用する必要があります。
あなたの質問から、あなたは反対のことをしたいと思っているようです。つまり、ローカル設定をGPOよりも優先させたいのです。その場合、GPOは常にローカル設定によって無効にされるため、そもそもなぜGPOを使用しているのかわかりません。
90分待ちたくないが、GPOが適用されたときに何が起こるかをテストしたい場合は、gpupdateツールを使用して手動でGPOを更新できます。