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私はプログラミングとコンピューターの世界が初めてです。MMTK を使用して生体分子シミュレーションを研究しようとしています。

Windows 7 で実行していますが、既にこのソフトウェアをインストールしています。

  • python-2.5.4
  • numpy-1.6.2-win32-superpack-python2.5
  • netCDF4-0.8.2.win32-py2.5
  • ScientificPython-2.9.0.win32-py2.5
  • MMTK-2.6.0.win32-py2.5
  • pywin32-217.win32-py2.7

このprotein.py mmtk サンプルを実行すると、すべて問題ないようです。1000 プロセス ステップの数を示します。

しかし、viewこのメソッドでスクリプトを実行すると、次のようになります。

from MMTK import *
molecule = Molecule('water')
molecule.view()

次に、次のメッセージが表示されます。

There is no program associated with ..pdb files, please install a suitable viewer

インターネットでいくつかの回答を検索した後、次の情報を取得しました。および PDB ファイルの名前。」そして私の疑問は、環境変数 PDBVIEWER によって PDB ファイルのビューアをどのように定義するのかということです。変数の値はどうなりますか? この環境変数の問題は、火星での生命の出現の謎と同じくらい単純に思えます。変更方法は知っていますが、何をいつ変更すればよいかわかりません。この件に関するウィキペディアの記事を読んでも、あまり役に立ちませんでした。だから私が知りたいのは：場合？新しい変数 (PDBVIEWER) を追加する必要がありますか、それとも既存の変数へのパスをもう 1 つ追加する必要がありますか? PDBVIEWER への値のパスは何ですか (C:\Windows\System32 ではありません)?

これは私の現在の変数値です:

変数の名前: パス

変数の値:

C:\Program Files (x86)\PC Connectivity Solution\;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;C:\Program Files (x86)\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;%SYSTEMROOT%\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Windows Live\Shared;%PYTHON_HOME%;%PYTHON_HOME%\Scripts;C:\Program Files (x86);C:\Python27\; C:\Python27\Scripts;C:\Python25\DLLs

この Python 変数もあります:PYTHON_HOMEこの変数の値: C:\Python27(ただし、MMTK で Python25 を使用しています)。

この質問は、経験豊富なプログラマーにとっては些細なことに思えるかもしれません。しかし、それに対する答えは、他の人にとって非常に役立つ場合があります。多数の生物学者、生化学者、および薬剤師が、計算手法を使用して問題を解決することに関心を持っています。これらの専門家の近くにコンピューター科学者がいるとは限りません (特に発展途上国にいる場合)。

バグやインストールの問題に悩まされるこの最初の段階を克服することは、多くの人々の科学的キャリアにとって非常に重要です。そして、この質問への答えは彼らを助けるでしょう.

前もって感謝します。

このフォーラムがこのレベルの質問にふさわしくない場合は、フィードバックをお寄せください。

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Google によると、 http://spdbv.vital-it.ch/は PDB ビューアーです。

それか、PDB ファイルを表示できるものをインストールする必要があります。そのためのインストーラーがその環境変数を設定するだけではないと仮定すると（そうかもしれません）、変数 PDBVIEWER を、おそらくPDBを表示できる実行可能ファイルへのパスに設定する必要があります。仮に、C:\SwissPDBViewer\view.exe とします。

于 2012-07-24T01:05:43.987 に答える
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視覚化のためにMMTK によって推奨されているVMDをインストールし、実行します。

import os
os.environ['PDBVIEWER'] = 'C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD/vmd.exe'

from MMTK import *
molecule = Molecule('water')
molecule.view()
于 2012-07-24T02:01:48.760 に答える