knitr
およびパッケージを使用しmarkdown
てRmdファイルをマークダウンに織り込み、次にhtmlを使用すると、ggplot2グラフが最終的なhtmlファイルに表示されるように予期しない動作が発生します。
たとえば、次のRmdファイルdiamond.Rmdを使用します
# ggplot2 graph shows up fainter, and text smaller
```{r echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
opts_chunk$set(fig.width=18, fig.height=10)
require(ggplot2)
```
***
# Simple Plot
```{r echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
data(diamonds)
g <- ggplot(diamonds, aes(carat, depth, colour=color)) + geom_point() + facet_wrap(~cut)
g
```
このファイルでknit.R
require(markdown)
require(knitr)
knit('diamonds.Rmd')
markdownToHTML('diamonds.md', 'diamonds.html', options=c('base64_images'))
browseURL(paste('file://', file.path(getwd(), 'diamonds.html'), sep=''))
私はhtmlファイルのプロットのスクリーンショットを撮り、それを以下に含めました(これを示すためのより良い方法はありますか?):
htmlファイル内のプロットは明るくなります。つまり、色は暗くなりません。また、軸ラベルや目盛りラベルを含むプロット上のテキストは小さくて軽いため、非常に読みにくくなっています。
Rから直接作成されたプロットを見ると、これらの問題はないことがわかります。
これは、私のグラフィックデバイスまたはknitrが使用しているグラフィックデバイスの問題だと思います。
最終的にhtmlファイルに含まれるプロットを強制して元のプロットの外観を維持する方法はありますか?つまり、暗くしてテキストを大きくする方法はありますか?