MVCでコントローラーを作成する場合、追加の登録を行う必要はありません。エリアの追加についても同じことが言えます。global.asaxにAreaRegistration.RegisterAllAreas()呼び出しがある限り、追加の設定は必要ありません。
AutoMapperでは、ある種のCreateMap<TSource, TDestination>呼び出しを使用してマッピングを登録する必要があります。これらは、staticを使用して明示的に行うMapper.CreateMapか、クラスから派生しAutoMapper.Profile、メソッドをオーバーライドして、そこからConfigure呼び出すことで実行できCreateMapます。
Profileから拡張するクラスのMVCスキャンのように、から拡張するクラスのアセンブリをスキャンできるはずだと私には思えますController。このようなメカニズムでは、Profile?から派生したクラスを作成するだけでマッピングを作成できるのではないでしょうか。そのようなライブラリツールは存在しますか、それともオートマッパーに組み込まれているものがありますか?