python - Pythonで.vtkファイルを読む

Question

レガシー形式の vtk ファイル (構造化されていないグリッドだと思います) が与えられました。それを処理する方法を知っているので、代わりに Python で読み込んで .npy ファイルを出力したいと思います。

このファイルは ATHENA からのダンプであり、座標とともに密度、速度、磁場が含まれています。

私は非常に手続き型のプログラマーなので、これらのオブジェクトはすべて混乱しています...

Answer 1

これが私が思いついた解決策です。トリックは ReadAllVectorsOn() をオンにすることでした。

import numpy
from vtk import vtkStructuredPointsReader
from vtk.util import numpy_support as VN

reader = vtkStructuredPointsReader()
reader.SetFileName(filename)
reader.ReadAllVectorsOn()
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.Update()

data = reader.GetOutput()

dim = data.GetDimensions()
vec = list(dim)
vec = [i-1 for i in dim]
vec.append(3)

u = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('velocity'))
b = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('cell_centered_B'))

u = u.reshape(vec,order='F')
b = b.reshape(vec,order='F')

x = zeros(data.GetNumberOfPoints())
y = zeros(data.GetNumberOfPoints())
z = zeros(data.GetNumberOfPoints())

for i in range(data.GetNumberOfPoints()):
        x[i],y[i],z[i] = data.GetPoint(i)

x = x.reshape(dim,order='F')
y = y.reshape(dim,order='F')
z = z.reshape(dim,order='F')

Answer 2

VTK Python SDK を使用して、VTK ファイルからポリゴン データを numpy 配列に読み取るスクリプトを次に示します。

import sys

import numpy
import vtk

reader = vtk.vtkPolyDataReader()
reader.SetFileName(sys.argv[1])
reader.Update()

polydata = reader.GetOutput()

for i in range(polydata.GetNumberOfCells()):
   pts = polydata.GetCell(i).GetPoints()    
   np_pts = numpy.array([pts.GetPoint(i) for i in range(pts.GetNumberOfPoints())])
   print np_pts

Answer 3

Paraviewを使用してみましたか？（http://www.paraview.org/）舞台裏で何が起こっているかを視覚的に把握し、さまざまな方法でファイルを出力できます。私はあなたのデータがどのようなものか見当がつかないので、これを提案します。http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Pythonにも、あなたにぴったりの例があるかもしれません。個人的には、paraviewで遊んで、そこから行きます。

Answer 4

最新のリリースでは、yt プロジェクトhttp://yt-project.org/に ATHENA のサポートが含まれていることに注意してください。これは、python を使用してシミュレーション データを分析する方法であることを意味します。