iOS 用の PhoneGap/Cordova を使用して、HTML5 アプリケーション キャッシュが iCloud にバックアップされないようにする方法を選択してください。
LocalStorage と WebSQLite データをバックアップする必要がありますが、HTML5 マニフェスト ファイルで使用される HTML5 アプリケーション キャッシュは、PhoneGap/Cordova for iOS を使用して iCloud にバックアップしないでください。これは、「iOS データ ストレージ ガイドライン」に準拠していることを確認するためです。
私は HTML5 アプリに Sencha Touch 2 を使用していますが、HTML5 アプリ キャッシュが 2 MB に達することもあります。