<form id="myform">
<input type='checkbox' name='foo[]' value='1'>
<input type='checkbox' name='foo[]' checked='true' value='2' >
<input type='checkbox' name='foo[]' value='3' >
<input type='checkbox' name='foo[]' checked='true' value='4' >
</form>
jquery を使用して、名前 foo[] の選択された値を取得する必要があります。
また、これらを配列としてphpファイルに渡す必要があります。つまり、foo = array(2,4)