これは私が使用することになったビルダーコードです。ctagsコマンドには--tag-relative=yesオプションがあることに注意してください。
# -*- coding: utf-8 -*-
import SCons.Builder
import SCons.Action
def complain_ctags(target, source, env):
    print 'INFORMATION: ctags binary was not found (see above). Tags have not been built.'
def generate(env):
    env['CTAGS'] = find_ctags(env)
    if env['CTAGS'] != None:
        #env['CTAGSCOM'] = 'cd $TARGET.dir; ctags -R .'
        env['CTAGSCOM'] = '$CTAGS --tag-relative=yes -f $TARGET $SOURCES'
        env['BUILDERS']['ctags'] = SCons.Builder.Builder(action=env['CTAGSCOM'])
    else:
        env['BUILDERS']['ctags'] = SCons.Builder.Builder(action=env.Action(complain_ctags))
def find_ctags(env):
    b=env.WhereIs('ctags')
    if b == None:
        print 'Searching for ctags: not found. Tags will not be built'
    else:
        print 'Searching for ctags: ', b
    return b
def exists(env):
    if find_ctags(env) == None:
        return 0
    return 1
私のSconscriptファイルでは、次のことができるようになりました。
Alias('tags', env.ctags(source=all_python_files, target='tags'))
これtagsで、ファイルには、sconsルートディレクトリからではなく、タグファイルの場所に相対的なパスを持つタグが含まれます。