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seqinr で write.fasta を使用すると、出力されるファイルは次のようになります。

>Sequence name 1

>Sequence name 2

>Sequence name 3
...etc

Sequence 1 Sequence 2 Sequence 3 ...etc

つまり、シーケンス名はすべてファイルの先頭にあり、シーケンスはファイルの最後にまとめて出力されます。

私がやりたいことはこれです：

>Sequence name 1
Sequence 1
>Sequence name 2
Sequence 2
>Sequence name 3
Sequence 3
...etc

それは write.fasta で可能ですか?

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4 に答える 4

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私は同様の問題を抱えていました。私がしたことは、シーケンスを含むベクトルをリストに変換することで、うまくいきました。

例えば、write.fasta(as.list(seq),names,file)

于 2012-10-09T03:48:31.827 に答える
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実際、私は常に正しい方法でそれを入手しており、あなたと同じような問題が発生することは決してありませんでした。これを試して。

以下のこのテキストをコピーしてください。

>seq1
agctgtagtc
>seq2
agtctctctt
>seq3
atgtataaaa

「test.fasta」として保存します。次に、Rで次のようにします

my.dna<-read.fasta("test.fasta")
write.fasta(sequences=my.dna,names=names(my.dna),file.out="write.my.dna.fasta")

「write.my.dna.fasta」を開くと、次のようになります。

>seq1
agctgtagtc
>seq2
agtctctctt
>seq3
atgtataaaa
于 2012-10-03T15:00:26.880 に答える