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私のmulti-fastaアーカイブは次の形式です。

>miRNA65 dvex2345
CGATGCTAGATGCTATGACAACGATGCCTCG-G
>miRNA60 dvex1234
T-TAA-ACTCATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG
>miRNA65 dvex2345
T-TAA-ACTTATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG

私はPerlを初めて使用するので、等しい'>行'を検索し、次の行を連結してシーケンスを結合する必要があります。

上記のファイルに対して次の出力を期待しています。

>miRNA60 dvex1234
T-TAA-ACTCATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG
>miRNA65 dvex2345
T-TAA-ACTTATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG.CGATGCTAGATGCTATGACAACGATGCCTCG-G

これを行うための最良の方法は何ですか？

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%hash;
while (<DATA>) {
        if (/^>(miRNA\d+)/) {
                $hash{$1}[0] = $_;
                chomp($n = <DATA>);
                unshift @{$hash{$1}[1]}, $n;
        }
}

for $k (sort keys %hash) {
        print $hash{$k}[0], join(',', @{$hash{$k}[1]}), "\n";
}
__DATA__
>miRNA65 dvex2345
CGATGCTAGATGCTATGACAACGATGCCTCG-G
>miRNA60 dvex1234
T-TAA-ACTCATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG
>miRNA65 dvex2345
T-TAA-ACTTATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG
于 2012-08-06T03:40:13.710 に答える