この質問はhttps://stackoverflow.com/questions/10316098/how-to-configure-html5boilerplate-build-script-to-get-script-src-attributes-replに似ていますが、phpプレフィックスとCSSとJSの両方で発生します
私の元のhtmlには
<!-- CSS concatenated and minified via ant build script-->
<link rel="stylesheet" href="css/style.css">
<!-- end CSS-->
と
<!-- scripts concatenated and minified via build script -->
<script src="js/plugins.js"></script>
<script src="js/script.js"></script>
<!-- end scripts -->
正常にビルドした後、cssおよびjsフォルダーには、新しい縮小された連結および名前変更された.cssファイルと.jsファイルがありますが、htmlにはコメントなしで同じsrc=""があります。
さらに悪いことに、modernizr-2.0.6.min.jsファイルは公開フォルダーにコピーされません。これは、たとえばfe30b2e.jsファイルに連結されていないためです（ヘッダーにあり、最後にjsの残りの部分があるため）。
publish / cssフォルダーには、a109b0e.cssの縮小ファイルと、正しくないように見える元のstyle.cssファイルのコピーがあります。
最新バージョンのビルドスクリプト（GitHubのZIPボタンをクリックすると最新バージョンがダウンロードされると思います）とOSX10.6.8を使用しています。
更新：ボイラープレートのクリーンでダウンロードされたバージョンに対してビルドスクリプトを実行しようとしましたが、同じことが起こります。src属性が更新されないため、ビルドスクリプトにバグがあると思います。