問題を再現するには、PDFの前にpupupを移動し、サイズを変更してみてください。IE(8および9でテスト済み)では、ポップアップがPDFの背後に部分的に隠れています。FirefoxとChromeではすべて問題ありません。
<h:body>
<h:form>
<iframe id="overviewFrame" src="http://docs.jboss.org/richfaces/latest_3_3_X/en/devguide/pdf/richfaces_reference.pdf" width="900" height="800" />
<h:commandButton value="openPopupWithPdf">
<rich:componentControl target="pdfPopup" operation="show" />
</h:commandButton>
</h:form>
<h:form>
<rich:popupPanel autosized="false" id="pdfPopup" resizeable="true" width="300" height="100" moveable="true" overlapEmbedObjects="true">
<f:facet name="controls">
<a4j:commandLink id="documentHideEditLink" styleClass="hidelink" onclick="#{rich:component('pdfPopup')}.hide()" execute="@this">
<h:graphicImage value="/img/modal/close.png" />
</a4j:commandLink>
</f:facet>
<f:facet name="header">
This is popup header
</f:facet>
<h:panelGrid>
Some text
</h:panelGrid>
</rich:popupPanel>
</h:form>
</h:body>
iframeの代わりにa4j:mediaOutputを使用する場合も同じです。