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fpocket を使用して、PDB タンパク質構造のポケットを見つけています。出力は、ポケットpocket0_atm.pdb、pocket1_atm.pdbなどの順序付けられたリストです。一部のファイルは問題なく読み込まれますBio.PDB.PDBParser。その他は「AssertionError」で失敗します。

動作する .pdb ファイルと動作しないファイルを比較しようとしても、一貫した違いは見られませんでした。何か案は？

問題を引き起こしているコードの関連セクションは次のとおりです。

def get_pdb_limits(pdb_file):
    ''' Return the X,Y,Z size limits of a PDB file. '''
    p = PDB.PDBParser()
    structure = p.get_structure('test', pdb_file)
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スタックトレースがないと、問題が何であるかを実際に知ることは不可能です。ただし、PDB.PDBParserPDBファイルの一部のエラーを許容および補正するように構築されています。PERMISSIVE以下のようにTrueに設定してみて、それでもエラーが発生するかどうかを確認してください。

p = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1)
p.get_structure("pdb_id", pdb_file)
于 2012-08-11T12:51:45.067 に答える