iOS の場合、info.plist で URL スキームを定義できます。その後、アプリ デリゲート内で URL を処理できます。良いチュートリアルはここにあります
http://mobiledevelopertips.com/cocoa/launching-your-own-application-via-a-custom-url-scheme.html
Androidでは、データインテントフィルターとして設定します
<data android:host="string"
android:mimeType="string"
android:path="string"
android:pathPattern="string"
android:pathPrefix="string"
android:port="string"
android:scheme="string" />
http://developer.android.com/guide/topics/manifest/data-element.html
そして、アプリを起動するインテントでデータ コンポーネントとして到着します。
<intent-filter>
<action android:name="android.intent.action.VIEW" />
<category android:name="android.intent.category.DEFAULT" />
<category android:name="android.intent.category.BROWSABLE" />
<data android:scheme="http" android:host="myhost" android:pathPrefix="/details" />
</intent-filter>
ただし、Android のすべてのブラウザーが実際に他のアプリが URL スキームを受け入れるかどうかをテストしてから、単純に次のページとしてロードするかどうかはわかりません。