r - ポイントをジッタリングする際のオーバーラップの回避

Question

科学論文を読んでいると、点が互いに重ならずにずれているプロットによく出くわします。それらの多くはGraphPad Prismというプログラムで描画されていると思いますが、R でも同じことを行う方法があるはずです。完全ではありませんが (下の赤い点のように)、ランダムなジッタリングよりもはるかに優れていると思います。 .

できればいくつかの基本的な機能を使用して、これを行う方法を知っている人がいれば、喜んで教えてくれます。

Answer 1

これが以下を使用したggplot2ソリューションgeom_dotplot()です：

library(ggplot2)
set.seed(1234)

dat = data.frame(y=c(rpois(20, 4), rpois(20, 1), runif(20, 0, 20)), 
                category=rep(c("group_1", "group_2", "group_3"), c(20, 20, 20)))

dotplot_1 = ggplot(dat, aes(x=category, y=y)) + 
            geom_dotplot(aes(fill=category), binaxis="y", 
                         stackdir="center", binwidth=0.8) +
            stat_summary(fun.y=median, fun.ymin=median, fun.ymax=median, 
                         geom="crossbar", width=0.7)

ggsave("dotplot_1.png", dotplot_1, width=6, height=4)