コード サンプル内にいる場合、Markdown (基本、および Markdown Extra および Github バージョン) はすべてのマークアップ (MD 自体、HTML) を無視します。コード サンプル内の何かを手動で強調表示する必要がある場合は、忘れてください。
ユース ケース: コード サンプルで、特定の行を強調する必要があります。理想的には、行を _lines of code_ または <em>lines of code</em> でラップしてから、次のような CSS で適切に強調表示できるようにする必要があります。
pre em {background-color: yellow}
現在の MarkDown プロセッサでそのようなことを行う方法はないように思われますか? :(