最初に文字列をコンマで分割して、数値を直接操作できるようにします。配列から 5 を削除し、配列をコンマ区切りの文字列に再結合します。
次に例を示します。
<?php
$input = '5,55,15,17,2,35';
echo "Input: $input<br />";
// Split the string by "exploding" the string on the delimiter character
$nums = explode(',', $input);
// Remove items by comparing to an array containing unwanted elements
$nums = array_diff($nums, array(5));
// Combine the array back into a comma-delimited string
$output = implode(',', $nums);
echo "Output: $output<br />";
// Outputs:
// Input: 5,55,15,17,2,35
// Output: 55,15,17,2,35
?>