EBIメタゲノムからダウンロードしたプロジェクトのデータベースがあります。これらはシーケンスリードを含むfastaファイルであり、基本的な処理（リピートマスキング、長さカットオフ-100など）が行われています。ここから16sリードのシーケンスを抽出したいと思います。この機能を実行する優れたツールを知っている人はいますか？ご協力ありがとうございました！
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C16S（Biosciences R＆D、TCS Innovation Labsによって開発された）と呼ばれるツールを使用できます。
C16S：16SrDNAシーケンスの分類学的分類に属固有の隠れマルコフモデル（HMM）を使用する16SrDNA分類アルゴリズム。高レベルの精度を達成するために、C16S分類子には、HMMアラインメントの品質を考慮して、16SrDNAフラグメントの最終的な割り当てを改善しようとする一連のステップが組み込まれています。
リンク： http： //metagenomics.atc.tcs.com/C16S/
于 2013-01-05T08:46:53.480 に答える
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私たち (EBI メタゲノミクス) は、まさにそれを行う新しい機能をまもなくリリースする予定です。そのため、待つことができれば、16S 遺伝子モデルに一致する配列をダウンロードするオプションがあります。また、それらの配列に基づく分類ツリーも提供する予定です。16S 読み取りの選択は、インターネットで見つけることができるオープン ソース ソフトウェア ツールである rRNASelector を使用して行われます。EBI メタゲノミクス (https://www.ebi.ac.uk/metagenomics) に注目してください。ありがとう。
于 2012-08-23T13:37:32.340 に答える