.Net 4.0では、X509Storeのfindメソッドを使用してカスタムストアから証明書を取得できませんでした。次のコードを使用します。
X509Store store = new X509Store(storeName, StoreLocation.CurrentUser);
store.Open(OpenFlags.ReadOnly);
X509Certificate2Collection col = store.Certificates.Find(X509FindType.FindBySubjectName, commonName,false);