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四角形のセットは、次の入力/追加/終了/削除シーケンスで最初に描画されますが、問題ありません。別のデータを渡すと (既存のデータを完全に置き換えることを意味します)、新しい四角形が既存の四角形の上に描画されます。

妨げたくない他の長方形を描いたので、rect の代わりに「lgnds」を選択しています。

var svg = d3.select("#graph").append("svg")

elements = svg
    .selectAll("lgnds")
    .data(data, function(d){return d;});

elements
    .enter()
    .append("rect")
    .attr("width", 15)
    .attr("height", rectHeight)
    .attr("x", 5)
    .attr("y", function (d,i){return ((i*rectHeight)+(gap*(i+1)));})
    .style("fill", function(d){ return d.color;});

elements
    .exit()
    .remove();
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