関数を 2 回呼び出そうとしていますが、現在のコードでは getPoints() 関数がスキップされ、setInterval の getPoints() 関数が呼び出されます。getPoints() 関数を呼び出してから、setInterval 内の関数を呼び出そうとしています。
var background;
// background page
background = chrome.extension.getBackgroundPage();
// get totals
getPoints(background.localStorage.points);
// update every 30 seconds
setInterval(function() {
console.log("func");
getPoints(background.localStorage.points);
}, 30000);