MountainLionのEclipse4.2でPyDevを実行しています。SciPy Superpackをインストールし、PythonインタープリターとIPythonを介して、Scikit-learnとMatPlotLibを含むすべてのパッケージを使用できます。ただし、それらをPyDevにインポートしようとすると、「未解決のインポート」エラーが発生します。
Python.orgからPython2.7.3をインストールし、PyDevが正しいインタープリターを指していることを確認しました。また、sklearnおよびmatplotlibディレクトリ（からのパスを介して確認済みsklearn.__file__）をPyDev設定のシステムPYTHONPATHに追加しようとしました。これでは問題は解決しませんでした。
他に何を試してみるべきか考えてみませんか？
コメントの例から、使用しているパスの深さが間違っているようです。
から変更する：
/Library/Python/2.7/site-packages/scikit_learn-0.12_git-py2.7-macosx-10.8-intel.egg/sklearn
に：
/Library/Python/2.7/site-packages/scikit_learn-0.12_git-py2.7-macosx-10.8-intel.egg
その下で指定していたため、パッケージレベル名を見つけることができませんでした。通常、Pythonインタープリターは、そこに配置される `.pth'ファイル参照から、サイトパッケージ内に存在するだけですべての卵を解決します。しかし、pyDevはそれらの卵をPYTHONPATHに明示的に追加する必要があると思います。