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私はベクトルノード名を持っています

nodenames <- c("A","B","C","T","N","Z")

私はdimnamesを持つ正方疎行列を持っています

Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:4149962] 1 2 3 4 5 9 11 12 13 14 ...
  ..@ p       : int [1:3417] 0 1702 2710 3935 5411 6719 8141 9822 9822 11515 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 3416 3416
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:3416] "A" "B" "AAL" "T" ...
  .. ..$ : chr [1:3416] "A" "B" "AAL" "T" ...
  ..@ x       : num [1:4149962] 2 1 1 3 1 1 2 19 3 2 ...
  ..@ factors : list()

ノード名に dimnames を使用して、このマトリックスのサブセットを作成するにはどうすればよいですか?

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インデックス番号、次元名 ( などの文字ベクトルを介してnodenames)、論理ベクトル、およびおそらく私を超えた他のものに基づいて、行列をサブセット化できます。

mat1[nodenames, nodenames]
  A  B  C  T  N  Z
A 12 22 42 62 72 82
B 13 23 43 63 73 83
C 15 25 45 65 75 85
T 17 27 47 67 77 87
N 18 28 48 68 78 88
Z 19 29 49 69 79 89

また:

mat1[which(rownames(mat1)%in% nodenames), which(colnames(mat1) %in% nodenames)]
mat1[rownames(mat1)%in% nodenames, colnames(mat1) %in% nodenames]
于 2012-08-21T00:49:56.123 に答える
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Tim Riffe の答えが最も直接的だと思います。'nodenames' ベクトルが rownames() 値と colnames() 値の両方のサブセットであるかどうかユーザーが確信が持てなかった場合、これは少し安全かもしれません:

nodenames <- c("A","ZZ","C","T","N","Z")

seq1 <- seq(1:100)
mat1 <- matrix(seq1, 10)
rownames(mat1)<-c("G","A","B","F","C","D","T","N","Z","J")
colnames(mat1)<-c("G","A","B","F","C","D","T","N","Z","J")
mat1[rownames(mat1) %in% nodenames, colnames(mat1) %in% nodenames]
#----------
   A  C  T  N  Z
A 12 42 62 72 82
C 15 45 65 75 85
T 17 47 67 77 87
N 18 48 68 78 88
Z 19 49 69 79 89

class-dgCMatrix のオブジェクトに関する修正された質問については、同じ方法を使用して賢明な結果を得ています。

(m <- Matrix(c(0,0,2:0), 3,5))
3 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

[1,] . 1 . . 2
[2,] . . 2 . 1
[3,] 2 . 1 . .

 m@Dimnames <- list(X=letters[1:3], Y=LETTERS[1:5])
 m["a", "B"]
# [1] 1
 m["a", c("A","B")]
# A B 
# 0 1 
于 2012-08-21T00:43:47.900 に答える