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私はバイオインフォマティクスプロジェクトに取り組んでおり、Python2.7でpycogentという名前のモジュールを実行しようとしています。私の目的は、整列された16sFastqシーケンスで構成されるファイルから祖先シーケンスを作成することです。

私のPythonコードは次のとおりです。

from cogent import LoadSeqs
aln = LoadSeqs('FullStrep.fasta')
lf.setAlignment(aln)
lf.optimise(show_progress=False, local=True)
ancestors = lf.likelyAncestralSeqs()
print ancestors

ただし、次のエラーメッセージが表示されます。

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/paulfryling/Desktop/Mypythonproj/pycogentancestor", line 1, in <module>
    from cogent import LoadSeqs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/cogent/__init__.py", line 5, in <module>
    import numpy
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
    import add_newdocs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
    from type_check import *
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
    import multiarray
ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so, 2): no suitable image found.  Did find:
    /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so: no matching architecture in universal wrapper
>>>

どんな助けや指示も大歓迎です。

よろしくお願いします、

ポール

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あなたが抱えている問題は、PyCogentの依存関係の一部がなく、かなりの数の依存関係があることですが、次の3つがあれば、ほとんどすべてを使用できます。

インストールするために最初に行う必要があるのはPython**です。これは、Mac OS Xを使用しているため、使用している現在のOSバージョンを選択するためです。

次に必要になるのはNumPyです。これは、ここから同様にダウンロードできます。

次に、Matplotlibをインストールする必要があります。

これらがすべて揃ったら、PyCogentライブラリをインストールする必要があります。

  1. このファイルをダウンロードしてコンピューターに解凍します。

  2. ターミナルから、このファイルがダウンロードされたフォルダーに移動し、PyCogentフォルダー内で次のコマンドを実行します。

python setup.py build
sudo python setup.py install

そして、それがすべてであるはずです。

必要に応じて、オプションのインストールをインストールできます。

**コンピュータにはおそらく1つのPythonがインストールされていますが、PyCogentのもう1つの依存関係であるMatplotlibとも互換性があるため、Python.orgのPythonを使用していることを確認することをお勧めします。

于 2012-09-02T23:18:32.163 に答える