わかりました。jruby tab、tab と入力するのにうんざりしているとしましょう。そこで、jruby を foo にリネームしたいと思います。
$ cd $HOME/.rbenv/versions
$ mv jruby-1.6.7 foo-1.6.7
$ rbenv prefix foo-1.6.7
~/.rbenv/versions/foo-1.6.7
$ rbenv shell foo-1.6.7
$ ruby -v
jruby 1.6.7 (ruby-1.8.7-p357) ...
$ rbenv versions
1.8.7-p358
1.9.3-p125
1.9.3-p194
* foo-1.6.7 (set by RBENV_VERSION environment variable)
この時点で jruby をもう一度インストールすると、rbenv が jruby-1.6.7 を再ダウンロードし、JRuby 1.6.7 のコピーが 2 つになりました (幸いなことに、これはあなたが望むものです)。タブ補完も機能します。だから、これはあなたが望むものかもしれません。副作用があるかどうかは不明です。